Présentation
La plateforme Bernard Rossi (nom de l’ancien Directeur de l’IFR50 et regretté fondateur de la plateforme) est une structure d’analyse en spectrométrie de masse de l’UMR TIRO-MATOs de la faculté de médecine de Nice en place depuis 2002. Elle réalise des analyses en protéomique et métabolomique pour des chercheurs académiques, des industriels et des cliniciens. La plateforme est au cœur de nombreuses interfaces interdisciplinaires entre les biologistes du l’UMR et des cliniciens du CHU et du CAL mais également des mathématiciens.
Elle met ses appareils et son savoir-faire au service de la communauté scientifique.
Les objectifs de la plateforme sont :
Conseiller les chercheurs sur les techniques disponibles sur la plateforme après avoir définis avec eux leurs besoins en analyses LC-MS/MS pour de la métabolomique ou de la protéomique.
Réaliser les analyses de la préparation des échantillons à l’exploitation des résultats.
Développer de nouvelles techniques d’analyses en fonction des besoins des chercheurs en protéomique, en adductomique et en métabolomique.
Former les chercheurs aux techniques de préparation d’échantillons, d’analyses et exploitation des résultats.
La plateforme propose des prestations de type collaboratives ou de service afin de répondre aux mieux aux besoins des chercheurs.
Appareillages
Le spectromètre de masse utilisé est un appareil de haute résolution Q Exactive plus de Thermofisher.
Il est couplé à 4 systèmes de chromatographie liquide Ultimate 3000 DIONEX en mode nano, capillaire micro et UHPLC.
Sources API disponibles
ESI assistée
Micro ESI
Capillaire ESI
Nano ESI
APCI
Autres sources : DESI Prosolia et AP MALDI Mass TECH
Prestations laboratoire publics et privés
Préparation des échantillons (prix unitaires sur demande)
• Métabolomique : cellules, tissus ou fluides (extraction en phase organique, séchage et reprise)
• Protéomique : cellules ou tissus ou fluides (gel 1D, protéolyse)
Analyses LC-MS/MS sur Q-Exactive Plus (prix unitaires sur demande)
• Analyse métabolomique :
- Run 16 min
- Run 25 min
Les post-traitements initiaux de base des data (avec Compound Discoverer ou MZ mine) sont inclus par petite série.
• Analyse protéomique :
- Run 1 heure (identification bande 1D ...)
- Run 2 heures (shotgun ...)
- Run 3 heures (shotgun plus complet ...)
Les post-traitements initiaux de base des data (avec Proteome Discoverer) sont inclus.
Post-traitement des data, validation et rapport d'étude sur devis.
Responsable scientifique
Sonia Dagnino, PhD
Professor in biological engineering and exposome
UMR E 4320 TIRO-MATOs UniCA-CEA - SNC 5050 CNRS
28, avenue de Valombrose, 06107, Nice
sonia.dagnino@univ-cotedazur.fr